Der SC Freiburg spielt zeitweise in der Gauliga Baden, der höchsten erreichbaren Spielklasse. 1937 verliert der Verein das Winterer-Stadion. In den schwierigen Kriegsjahren kann der Spielbetrieb nur mit Mühe aufrechterhalten werden. 1944 wird das Vereinsheim des SC durch einen Luftangriff zerstört.
1933
Die Freiburger Presse verkündet die Anordnung des DFB, nach der keine jüdischen oder kommunistischen Personen mehr leitende Funktionen in Fußballvereinen ausüben dürfen. Im Mai wird der Verein gleichgeschaltet und bekommt mit dem NSDAP-Stadtrat Ludwig Sieder einen neuen „Vereinsführer“. Sportlich läuft es ähnlich wie in den Vorjahren mit einem 6. Platz in der Bezirksliga Württemberg-Baden.
1934
Der SC Freiburg spielt in der neugegründeten Gauliga Baden und steigt ab. Um Einnahmen zu erzielen, unternimmt der Vereine eine Freundschaftsspielreise nach Frankreich.
1935
Der SC Freiburg wird Meister der Bezirksliga Oberbaden. Eine von der Stadt forcierte Fusion mit dem Freiburger FC lehnt der SC Freiburg ab.
1936
Der Sport-Club wird erneut Meister in der Bezirksliga und scheitert in der Aufstiegsrunde zur Gauliga. Am 30. Juni erhält der Verein von der Stadt Freiburg die Kündigung für das Wintererstadion, da die Luftwaffe das Gelände benötigt.
1937
Der SC Freiburg wird Meister der Bezirksliga Freiburg, muss künftig aber an einem anderen Standort spielen: Das Winterer-Stadion wird zerstört und vollständig abgebaut.
1938
Der SC Freiburg schließt sich erneut als Fußballabteilung der Freiburger Turnerschaft (FT von 1844) an und kann dadurch wieder auf den FT-Plätzen an der Schwarzwaldstraße spielen. Karl Ziegler wird „Vereinsführer“. Der SC Freiburg erringt die Meisterschaft in der Bezirksliga Freiburg.
1939-1941
In den ersten Kriegsjahren steigert sich der SC Freiburg sportlich: Einem 4. Platz in der Bezirksliga Freiburg (1939) folgt ein zweiter Platz (1940) und 1941 schließlich die Meisterschaft und der Aufstieg in die sogenannte Bereichsliga.
1942
Bereits ein Jahr später steigt der SC Freiburg als Sechster und damit Tabellenletzter in der Bereichsliga Baden-Süd ab und muss im Folgejahr wieder in der Bezirksklasse antreten.
1943
In der Bezirksliga Breisgau spielen nur noch vier Mannschaften, der SC Freiburg wird Zweiter und steigt erneut in die Bereichsliga auf.
1944
Der Spielbetrieb in der Bereichsliga (Gauliga) Baden-Süd wird bis in den Herbst fortgesetzt. Der SC Freiburg landet erneut auf dem sechsten und damit letzten Platz.
Bei einem verheerenden Luftangriff auf Freiburg am 27. November wird das Vereinslokal des Sport-Clubs, der „Ganter-Brauereiausschank“, vollkommen zerstört.
1945
Die Freiburger Turnerschaft (FT) und damit auch der Sport-Club werden offiziell von der Besetzungsmacht aufgelöst. Nach Beendigung des Zweiten Weltkriegs absolviert der Sport-Club ab Oktober 1945 dennoch wieder die ersten Freundschaftsspiele gegen Mannschaften aus der Stadt und dem Umland. Die Zahl der Kriegsopfer aus den Reihen des SC ist nicht bekannt.
